Suchmaschine für RNA-Moleküle
Forschende des Berliner Instituts für Medizinische Systembiologie des Max Delbrück Center (MDC-BIMSB) haben eine Suchmaschine namens „Malva“ entwickelt, die Daten von Millionen einzelner Zellen aus Tausenden Experimenten weltweit analysieren. Es sei die erste Plattform, die riesige Mengen an Einzelzelldaten allein anhand von Sequenzinformationen sekundenschnell durchforsten könne, sagt Daniel León-Periñán. León-Periñán ist ein Erstautor der Publikation in „Nature“ und Doktorand in der Arbeitsgruppe „Systembiologie von Gen-regulatorischen Elementen“ von Prof. Nikolaus Rajewsky, dem Direktor des MDC-BIMSB.
„So ähnlich wie Google es vor 30 Jahren für das Internet getan hat, ermöglicht Malva es Wissenschaftlern und KI-Tools, innerhalb von Sekunden Informationen zu Millionen von Zellen zu durchsuchen – ohne riesige Dateien herunterladen zu müssen, ohne ein Referenzgenom zu benötigen und ohne dass tiefgreifende Fachkenntnisse in der Datenwissenschaft nötig wären“, fügt Rajewsky, der Letztautor der Studie, hinzu. Um die Aufgabe zu vereinfachen und die Bandbreite der Fragen zu erweitern, die sich anhand der Daten beantworten lassen, haben León-Periñán und Dr. Nikos Karaiskos, ebenfalls Erstautor aus der Gruppe von Rajewsky, öffentlich zugängliche Daten aus den Repositorien neu aufbereitet – sodass man sie nun nach bestimmten Nukleotidsequenzen durchsuchen kann. Malva indexiert zudem räumliche Daten und gibt dadurch auch Auskunft darüber, an welcher Stelle in einem Gewebeschnitt sich eine bestimmte RNA befindet.
Die Suchmaschine ist so konzipiert, dass man sie kontinuierlich erweitern kann: Sobald neue Einzelzell-RNA-Daten in der Fachliteratur veröffentlicht sind, werden diese auf einen Server am Max Delbrück Center heruntergeladen, verarbeitet und den vorhandenen Daten hinzugefügt. Derzeit können alle Forschenden Malva kostenlos nutzen. Rajewsky und sein Team bereiten allerdings die Gründung eines Start-ups vor, um Malva kommerziell verfügbar zu machen. Ein Patent auf die Technologie ist bereits angemeldet.
Quelle: Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin in der Helmholtz-Gemeinschaft